二尊院はその名の如く来迎（阿弥陀）如来と発遺（釈迦）如来の二尊を安置することから名づけられた寺院である。寺院の後背地が小倉山になり正式には小倉山二尊教院華台寺と呼ばれ承和年間（834〜847）に嵯峨帝の勅願寺院として円仁（慈覚大師）が開山した。その後鎌倉時代に入り法然の弟子たん空により再興された。
寺内一帯は楓樹が多く百人一首に詠まれている藤原忠平の「小倉山峯のもみじ葉心あらば今ひと度の御幸またなん」はこの寺の裏山になる。またこの寺には中・近世・現代を通じた著名人の墓も多く、大堰川開発の豪商角倉了以、幕末・明治の元勲三条実美・戦前の名優坂東妻三郎などの墓がある。