嵯峨天皇の皇后であった橘嘉智子（壇林皇后）が786〜850年に創立された官寺である。
創建当時は十二坊の塔頭があったといわれ、中国から来朝した僧・義空を師としてこの寺で禅が唱え始められた。氏の学問所学館院を設けたのもこの人であり、平安初期の文化や仏教に影響を与えた。現在の壇林寺は昭和39年に再建されたもの。