江戸時代の初めに中国・明からきた僧・隠元禅師が開基。 黄ばく宗の総本山である。
三門、天王殿、仏殿、法堂が一直線上に並び、諸堂宇はその左右に対象して並んでいる。その中で、大雄宝殿は、日本では唯一最大のチーク材を使った歴史的建造物である。
建物に掲げられている聯や額は、隠元らの高僧の手によるものである。三門の「萬福寺」の額も隠元禅師の書である。
寺内では隠元禅師が中国から伝えた精進料理の「普茶料理」をいただくことができる。