南禅寺の塔頭のひとつ。夢窓国師の作と伝える庭園を有する。
亀山天皇の離宮の遺跡でもあり、南禅院発祥の地。
南禅院の参道には、仏教の教えである万物を形成するむ5つの元素（地・水・火・風・空）のシンボルが彫刻されている。