昌泰3年(900)に、醍醐天皇が創建。
書院前庭の雪見灯篭は勧修寺形と呼ばれる、その横にそびえる樹齢750年の名木ハイビヤクシンも良く知られる。平安時代からの氷池園の氷室池は、池に張る氷の厚さにより、その年の豊凶を占ったと伝えられる。
応仁の乱の時期や、伏見城築城の時期に衰退したが、その後、徳川家によって再興された。