石山本願寺の顕如が織田信長に激しく抵抗したことはよく知られています。信長の没後、豊臣秀吉は顕如に対し京都で寺院の造営を認めました。顕如の没後、その子の教如と准如の間に住職の相続争いが起こり、秀吉の介入で准如が本願寺（後の西本願寺）を相続しました。さらに秀吉の没後、家康に接近していた教如は1602年に家康から寺域の寄進を受け、本願寺が東西に存在することになり、家康から寺域を寄進された教如の本願寺は、東本願寺と呼ばれるようになりました。