平安京遷都の二年後（796）に建立され、平安京への入り口である羅城門の左右に築かれた東西の官寺（国立の寺院）のひとつ（その後、西寺は荒廃し今は存在しない）。
唐で密教を学んで帰国した空海に、823年に下賜され、真言密教の根本道場となった。
空海が日本初の私学「綜藝種智院」を開いたことに因んで、学業成就、入学祈願に訪れる人が多い。