平安時代の歌人・和泉式部が貴船神社に参詣して、恋を祈り、不和となった夫と復縁することができた。以来、貴船神社は「恋の宮」としても知られ、おとぎ草子などにも貴船神社にまつわる恋物語がある。
冷泉の水に浮かべると文字が現れる「水占みくじ」にも人気がある。また境内にある「結び文」を結び合わせて拝むと願いが叶うと言われている。