平安時代の862年、境内に良い香りの泉が湧き、その水を飲むと病気が治癒したとの伝承がある。この良い香りの泉は、清和天皇から『御香水』と名付けられ、これが神社の名前の由来となった。
現在も枯れることなく湧くその御香水は、環境庁名水百選に認定されている。