九山八海の庭（霊の庭）

書院前庭は、遺愛石のある珍しい庭として、江戸時代中頃に出版された『都林泉名勝図会』に紹介されている。だが、300年の歳月は、庭をすっかり荒廃させたが、昭和45年（1970年）に重森三玲によって修復された。これが九山八海の庭である。
中央の遺愛石（いあいせき）を須弥山（しゅみせん、サンスクリットSumeru。この世界は九つの山と八つの海から成りその中心が須弥山であるという仏教の世界観）に見立て、白砂の波紋は山海を表現している。

臥雲（がうん）の庭

寺号・霊雲をテーマにした現代的な枯山水庭園。重森三玲の作庭となる。
渓谷に流れる川の流れと、山腹に湧く雲を白砂や鞍馬砂で表現している。