元小学校であった校舎を利用し、京都市と京都精華大学が共同で運営しているマンガの博物館であり、図書館でもある。
保存されるマンガ資料は、明治の雑誌や戦後の貸本などの貴重な歴史資料から現在の人気作品まで、さらに海外のマンガも含め、約30万点（2009年現在）にものぼる。マンガに関するワークショップやセミナーなども開催している。
図書館機能としては、壁一面にマンガを収めた棚「マンガの壁」に5万冊のマンガが並んでおり、当日入場料を払えば館内で自由に読むことができる。さらにミュージアム敷地内の芝生スペースにマンガを持ち出して読むこともできる。